Dynamically generated parallel environments in grid-polygons: problems and solutions

Authors

  • V.M. Volokhov
  • L.A. Varlamov
  • A.V. Pivushkov
  • N.F. Surkov
  • D.A. Varlamov

Keywords:

distributed computing
quantum and computational chemistry
GRID
MPI
virtualization
GAMESS-US

Abstract

This paper is devoted to the problems of implementation of complicated configured parallel application packages in distributed environments and to the description of some ways to resolve such problems. Several methods of creating and running dynamically generated ("virtual") parallel execution environments in different grid environments (gLite, Unicore, Globus GT4) for parallel applications are proposed. The developed methods allow one to run complex, usually requiring a preset setting up a cluster, parallel applications on unconfigured in advance resources sites of grid polygons. The examples of realization of the given method for the quantum chemistry package GAMESS-US on different grid polygons in all three above-mentioned environments are given.

New computational technologies

Downloads

Published

2011-10-31

Issue

Vol. 12 (2011): Issue 1.

Section

Section 2. Programming

Author Biographies

V.M. Volokhov

Institute of Problems of Chemical Physics of RAS
• Head of Department

L.A. Varlamov

Institute of Problems of Chemical Physics of RAS
• Senior Researcher

A.V. Pivushkov

Institute of Problems of Chemical Physics of RAS
• Senior Researcher

N.F. Surkov

Institute of Problems of Chemical Physics of RAS
• Senior Researcher

D.A. Varlamov

Institute of Experimental Mineralogy of RAS
• Senior Researcher

References

  1. Волохов В.М., Варламов Д.А., Пивушков А.В., Покатович Г.А., Сурков Н.Ф. Технологии ГРИД в вычислительной химии // Вычислительные методы и программирование. 2010. 11, № 1. 175-182.
  2. Волохов В.М., Варламов Д.А., Сурков Н.Ф., Пивушков А.В. Виртуальные вычислительные среды: использование на GRID полигонах // Вестник ЮУрГУ. Cер. Математическое моделирование и программирование. 2009. № 17 (150). Вып. 3. 24-35.
  3. Варламов Д.А., Волохов В.М., Пивушков А.В., Сурков Н.Ф. Виртуализация параллельных приложений квантовой химии для запуска на ресурсных узлах распределенных сред // 3-я Межд. науч. конф. «Суперкомпьютерные системы и их применение». SSA’2010. Минск, 2010. 2. 12-16.
  4. Варламов Д.А., Волохов В.М., Пивушков А.В., Сурков Н.Ф. Виртуализация вычислительной среды в ГРИД // «Параллельные вычислительные технологии 2010» (ПаВТ-2010), Уфа, март 2010. Челябинск: Изд-во ЮУрГУ, 2010. 63-70.
  5. Волохов В.М., Пивушков А.В., Сурков Н.Ф., Варламов Д.А., Волохов А.В. Новые методы решения задач вычислительной химии в распределенных средах // «Научный сервис в сети Интернет: суперкомпьютерные центры и задачи.’’ 20-25 сентября 2010, Новороссийск. М.: Изд-во Моск. гос. ун-та, 2010. 181-184.
  6. Волохов В.М., Пивушков А.В., Волохов А.В., Варламов Д.А. Реализация нескольких независимых ресурсных грид-сайтов на едином физическом пространстве кластера // X Межд. конф. «Высокопроизводительные параллельные вычисления на кластерных системах». HPC-2010. Пермь, 2010. 1. 119-124.